Vertikales Prototyping wird im Gegensatz zum Horizontalen Prototyping dazu verwendet, eine ausgewählte Funktion des Produktes zu zeigen. Dem Tester wird somit ermöglicht, ausschließlich diese Funktion zu testen, wobei die technische Funktionalität dieser Anforderung implementiert ist. Mit Hilfe des Vertikalen Prototypings können das optimale Design einer bestimmten Anwendung getestet, die Benutzbarkeit dieser Funktion verbessert und außerdem die Leistung der Tester für diese spezielle Anwendung ermittelt werden. Vertikales Prototyping wird gleichermaßen in frühen Phasen des Designs durchgeführt als auch in späteren. In frühen Phasen werden damit verschiedene Designs für eine spezielle Funktion verglichen, in späten Phasen des Designs wird die Benutzbarkeit einer speziellen Funktion optimiert. Anwendung findet das Vertikale Prototyping hauptsächlich in High-Fidelity Prototypen kann aber auch in Low-Fidelity Prototypen genutzt werden.